Tussen 1991 en 1993 werden dringende instandhoudingswerken uitgevoerd aan de kapconstructie van de Sint-Michielskerk, waaronder balkkoprestauraties en vernieuwing van leien. Inspecties toonden aan dat verdere restauratie noodzakelijk was. Tussen 2009 en 2012 werd dan ook de volledige dakconstructie gerestaureerd om de stabiliteit te waarborgen en waterinfiltratie te stoppen.
Momenteel is de restauratie van (een deel van) de toren lopende. Het betreft een eerste fase waarbij het centrale onderste deel van de toren wordt aangepakt. De restauratie omvat drie grote delen: natuursteenherstel, de vernieuwing van het glasraam en de reconstructie van de balustrade boven het inkomportaal.
Aan de basis van dit restauratiedossier ligt een uitgebreide diagnosenota. In deze nota werd de bouwfysische toestand van de verschillende materialen in kaart gebracht. De inzichten worden gaandeweg tijdens uitvoering aangescherpt en verfijnd.
